Người Anh, đặc biệt là Lord Cromer, đã liên tục phản đối việc thành lập một trường đại học như vậy. Chỉ một năm sau khi rời Ai Cập, dưới thời Ngài Eldon Gorst, Đại học Ai Cập cuối cùng đã được thành lập. Hệ thống giáo dục Ai Cập vẫn kém phát triển dưới sự cai trị của Anh.[10] Hai thập kỷ sau khi chiếm đóng, giáo dục nhận được ít hơn 1 phần trăm ngân sách nhà nước. Cromer công khai tuyên bố rằng giáo dục công miễn phí không phải là một chính sách phù hợp cho một quốc gia như Ai Cập, mặc dù các quỹ được tìm thấy để tái tạo trường luật ở Cairo nên người Ai Cập không phải ra nước ngoài để lấy bằng pháp lý trong thời của Sir John Scott thời gian làm Cố vấn Tư pháp cho Khedive.[11] Donald M. Reid suy đoán rằng điều này là do lo ngại rằng nền giáo dục theo phong cách châu Âu sẽ tạo ra sự bất ổn chính trị hoặc sự phản đối dữ dội đối với sự cai trị của Anh. Cromer cũng phản đối việc cung cấp viện trợ tài chính cho trường đại học sau khi ủy ban tư nhân bắt đầu theo đuổi vấn đề một cách độc lập với người Anh.

Trong những năm đầu, trường đại học này không có khuôn viên mà chỉ quảng cáo các bài giảng trên báo chí. Các bài giảng sẽ được tổ chức ở nhiều cung điện và hội trường khác nhau. Sau một buổi lễ khai trương vào năm 1908, nó vẫn không an toàn về tài chính trong một số năm, gần như sụp đổ trong Thế chiến I. Khi thành lập vào năm 1908, Đại học Ai Cập đã có một bộ phận phụ nữ nhưng nó đã bị đóng cửa vào năm 1912. Phụ nữ lần đầu tiên được nhận vào khoa nghệ thuật vào năm 1928.[12]

Các vấn đề trong giai đoạn này cũng bao gồm việc thiếu giảng viên chuyên nghiệp để thực hiện tầm nhìn giáo dục của người sáng lập. Đơn giản là không có người Ai Cập có bằng tiến sĩ, khả năng giảng dạy bằng tiếng Ả Rập và làm quen với văn học phương Tây trong các lĩnh vực của họ để điền vào các vị trí giáo sư.[13] Do đó, các nhà Đông phương học châu Âu giảng bài bằng tiếng Ả Rập cổ điển đã chiếm hết các vị trí giáo sư cho đến những năm 1930. Trường đại học cũng đã gửi sinh viên của mình theo các nhiệm vụ giáo dục để có được đào tạo cần thiết. Đầu tiên, trường đại học thuê giáo sư người Ý Carlo Nallino, David Santillana và Ignazio Guidi, do mối liên hệ của Vua Fuad I với Ý. Sau sự ra đi của người Ý sau cuộc xâm lược Libya, các nhà Đông phương học người Pháp Gaston Wiet và Louis Massignon đã chiếm các vị trí trong khoa. Người Đức và người Anh ít có đại diện.

Năm 1925, trường đại học được thành lập lại và mở rộng thành một tổ chức nhà nước dưới Fuad I. Trường đại học nghệ thuật tự do (kulliyat al-adab) năm 1908 được gia nhập với các trường luật và y học, và một khoa khoa học mới được thêm vào. Ahmed Lutfi al-Sayyid trở thành hiệu trưởng đầu tiên.